Ośrodek Transplantacji Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie - Prokocimiu  prowadzi działalność kliniczną i naukową. W Ośrodku przeprowadza się przeszczepienia komórek krwiotwórczych (tzw. przeszczepy szpiku) w leczeniu chorób nowotworowych oraz ciężkich chorób metabolicznych i immunologicznych. Ośrodek uczestniczy także w klinicznych programach leczenia zawału mięśnia sercowego oraz urazów rdzenia kręgowego, z wykorzystaniem komórek macierzystych izolowanych ze szpiku kostnego.

Wchodzący w skład Ośrodka Zakład Transplantologii prowadzi zakrojone na szeroką skalę badania dotyczące przede wszystkim komórek macierzystych i nowotworów. Jest także organizatorem odbywającej się corocznie w Krakowie konferencji The Stem Cell Therapeutics Excellence Centre (STEC) gromadzącej wybitnych specjalistów z całego świata pracujących na polu badań nad komórkami macierzystymi.

W Ośrodku Transplantacji pracuje wykwalifikowana kadra lekarska, pielęgniarska i laboratoryjna. Ośrodek wyposażony jest w najwyższej klasy sprzęt niezbędny do opieki nad pacjentem poddawanym przeszczepieniu oraz leczenia dzieci z ciężkimi zaburzeniami odporności.